芽生神社がある場所は、深川市芽生（メム）地区と呼ばれる場所で、深川市の中でも早くから開拓が始まったところです。
明治26年、ここに奈良県十津川郷から入った人達（百戸団体と呼ばれた移住者）が入植しました。移民も次第に増加し、明治33年現在の本殿が落成されました。なお、世界遺産で有名な熊野本宮大社（くまのもとみやたいしゃ）の主祭神・家都御子大神（いえみやこみこだいじん）の分霊をたてまつる神社は、北海道では芽生神社が唯一です。